Isabella Winkie Direko sinh ngày 27 tháng 11 năm 1929 tại Botshabelo gần Bloemfontein. Cô đã trải qua thời thơ ấu với cha mẹ tại nhà của bà ngoại. Cha mẹ cô ban đầu cư trú tại Waaihoek trước khi bị buộc phải di dời vào những năm 1920.[2] Sau đó, họ bị buộc phải quay trở lại Botshabelo. Tên Winkie ban đầu là biệt danh của cô nhưng sau đó cô đã lấy nó làm tên chính thức. Trong hàng ngũ chính trị, cô được biết đến với cái tên Ausi Winkie hoặc Mistress Winkie. Cô đã dành phần thời thơ ấu ở thị trấn Heidedal của Bloemfontein – chủ yếu là một khu vực dành cho người Nam Phi da màu.[3]